Panitera Muda Khusus mempunyai tugas melaksanakan administrasi perkara di bidang perkara khusus antara lain perkara Tindak Pidana Korupsi dan perkara khusus lainnya sesuai dengan ketentuan perundang-undangan yang berlaku.
Dalam melaksanakan tugas, Panitera Muda Khusus menyelenggarakan fungsi:
- Pelaksanaan pemeriksaan dan penelaahan kelengkapan berkas perkara khusus;
- Pelaksanaan registrasi perkara khusus;
- Pelaksanaan distribusi perkara khusus yang telah diregister untuk diteruskan kepada Ketua Majelis Hakim berdasarkan Penetapan Penunjukkan Majelis Hakim dari Ketua Pengadilan Tinggi;
- Pelaksanaan penghitungan, penyiapan dan pengiriman penetapan penahanan, perpanjangan penahanan dan
penangguhan penahanan bagi perkara bidang pidana khusus; - Pelaksanaan penerimaan kembali berkas perkara yang sudah diputus dan diminutasi;
- Pelaksanaan pengiriman salinan putusan Pengadilan Tinggi beserta berkas perkara bendel A kepada pengadilan pengaju;
- Pelaksanaan penyimpanan berkas perkara yang belum mempunyai kekuatan hukum tetap;
- Pelaksanaan penyerahan berkas perkara yang sudah mempunyai kekuatan hukum tetap ke Panitera Muda Hukum;
- Pelaksanaan urusan tata usaha kepaniteraan, dan;
- Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Panitera.